Kościół pochodzi z miejscowości Zębowice, niedaleko Olesna w Opolskiem. To także tereny Górnego Śląska, zwane po 1945 roku Opolszczyzną. Kościół był kilkukrotnie przebudowywany, o czym dowodzi zachowane sprawozdania z wizytacji archiprezbitera Wawrzyńca Joannsthona i Marcina Teofila Stephetiusa w latach 1679 i 1688 opisujące stan kościoła i jego życie parafialne.
W XVII i XVIII wieku prowadzone były prace, wynikiem których jest obecny kształt bryły świątyni. Na początku XVII wieku kościół został poddany pierwszej gruntownej renowacji. Przebudowano go m. in. w taki sposób, że dzisiejsza wieża była kiedyś oddzielną, wolno stojącą „częścią” kościoła (podobnie jest w przypadku kościoła drewnianego w Miasteczku Śląskim za Tarnowskimi Górami). W 1777 roku została dobudowana wieża z przestronnym wejściem do świątyni przez znanego w okolicach, może w szerszej okolicy niż bliskie wokół Zębowic-budowniczego, mistrza ciesielskiego Wojciecha Kokota. Dobudowanie wieży w rezultacie dodało kościołowi większego uroku. Wykonano wówczas odeskowanie i malowanie od wewnątrz. Wnętrze kościoła wzbogacono w liczne rzeźby i obrazy. Z tego okresu pochodzi także ambona, ołtarze: główny i boczne, poświęcone św. Annie i św. Brygidzie. Przed I wojną światową w Zębowicach, jak zresztą w przypadku większości drewnianych kościołów na Górnym Śląsku, wybudowano dużo większy, nowy kościół, tym razem murowany z kamienia. Drewniany został zamknięty w 1913 roku i wyłączony z ceremoniałów mszalnych.
Ciekawostką w historii tego ciekawego zabytku sakralnego, jest związana z rokiem 1921, a więc z wydarzeniami, jakie miały miejsce podczas III Powstania Śląskiego. Podczas działań „konfliktowych” (ostrożnie należy nazywać 3 Powstania Śląskie konfliktem zbrojnym międzypaństwowym, lecz to zostawiam historykom ), ta drewniana świątynia została przestrzelona pociskiem artyleryjskim, który wszedł od strony prezbiterium, blisko ołtarza głównego, dostał się w balustradę chóru, przebijając ją i organy, i utkwił na zawsze w belce poprzecznej wieży. Źródła pisane milczą na temat próby rozbrojenia pocisku i jakim wynikiem ta operacja się zakończyła, podczas późniejszego demontażu świątyni.
W 1922 roku w prasie lokalnej pojawiło się ogłoszenie o takiej treści: „Ładny, drewniany kościół do wzięcia”. Zapewne ogłoszenie to znalazło się w niemieckiej górnośląskiej prasie, gdyż po 1922 roku miejscowość Zębowice, skąd do Gliwic przeniesiono drewniany obiekt sakralny-znalazła się po ostatecznym podziale wschodniej, w sumie najbogatszej części Górnego Śląska, w granicach ówczesnych Niemiec. Władze ówczesnych Gliwic podjęły decyzję o kupnie kościółka i ulokowaniu go na terenie Cmentarza Centralnego, jednym z najpiękniejszych „wiecznych sypialni” w ówczesnej Europie Środkowej. Po demontażu i przewiezieniu obiektu do Gliwic, odtworzono go z najdrobniejszymi szczegółami. W krypcie wykonanej na miejscu złożono nawet trumny ze szczątkami dawnych zębowickich fundatorów.
Demontaż kościoła pozwolił znaleźć odpowiedź na kilka pytań związanych z wiekiem obiektu. Otóż, gdy zdjęto odeskowanie datowane na koniec XVIII wieku, okazało się, że część obelkowania (konstrukcji zapewne zrębowej, popularnej w świątyniach górnośląskich drewnianych) pochodzi z całą pewnością z końca XV wieku. Gdyby przeanalizowano szczegółowo rysunki i fragmenty rzeźb zachowane pod deskami, pozwoliłoby to na stwierdzenie, iż ten kościół należy do najstarszych obiektów drewnianych, albo jest najstarszym w ogóle na całym Górnym Śląsku lub najstarszą budowlą drewnianą na całym historycznym Śląsku.
Ponownie do użytku, czyli po ponownym montażu, oddano go 30.10.1926 roku. Najpierw odprawiano w nim nabożeństwa w niedziele i święta, później spełniał również funkcje pogrzebowe. Kościołowi podarowano nowe organy, które poświęcono w dniu oddania świątyni parafianom. W późniejszym czasie ten ciekawy kościółek zaczął ulegać dewastacji, stając się jednocześnie zagrożeniem dla bezpieczeństwa wiernych. Znów podjęto decyzję w sprawie jego przyszłości i zadecydowano o zamknięciu , które to nastąpiło w 1980 roku, a przecież ozdobą Cmentarza Centralnego był przez blisko 60 lat.
W 1989 roku, ówczesne władze Gliwic znów podjęły decyzję w sprawie tej urokliwej świątyni, jednoznacznie nakazując ratować cenny zabytek. Znów przystąpiono do demontażu i zabezpieczenia wyposażenia, i wówczas znaleziono nową jak dotąd, do czasów dzisiejszych ostateczną lokalizację dla drewnianej świątyni. W 1998 roku rozpoczęto prace budowlane związane z przeniesieniem kościoła na teren nieczynnego już wielowyznaniowego Cmentarza Starokozielskiego (Nekropolia zloklaizowana jest przy ulicy Kozielskiej. Jej nazwa pochodzi od nazwy miasta - Kędzierzyn-Koźle. Absolutnie nazwa nie ma nic wspólnego do mordu na polskich oficerach i policjantach m.in. ówczesnego województwa śląskiego, w 1940 roku m.in. w Kozielsku). Na terenie tego cmentarza, w pobliżu pozostałych grobowców znakomitych gliwickich rodów, postawiono go na nowo. Znów służy kolejnym pokoleniom wiernych i zachwyca swym pięknem niejednego mieszkańca miasta, regionu, czy turysty przebywającego w Gliwicach.