Parafię w Liszkach, jedną z pierwszych w okolicach Krakowa, erygowano w 1254 r. W 1325 r. liczyła ona około 2000 osób. Według opisu Jana Długosza istniał już wtedy kościół drewniany pw. św. Mikołaja. W 1587 r. miejsce drewnianej świątyni zajął kościół murowany.
W 1873 r. wybudowano neoromański kościół, który istnieje do dziś i który warto zobaczyć. Świątynia ma strzelistą wieżę z trzema zegarami, która pełni jednocześnie funkcję dzwonnicy, jak również drugą wieżę - sygnaturkę nad skrzyżowaniem nawy głównej i transeptu. Prezbiterium świątyni zamyka absyda.
Wewnątrz świątyni, w bocznych ołtarzach znajdują się XVIII-wieczne obrazy, a w ołtarzu głównym - XVII-wieczny wizerunek Matki Boskiej w srebrnej sukience. W 1978 r. metropolita krakowski, kardynał Karol Wojtyła poświęcił w kościele parafialnym nowy ołtarz soborowy.