Międzychód powstał jako osada handlowo-rzemieślnicza położona nad Wartą już we wczesnym średniowieczu. Związana była wówczas z czterema grodami broniącymi tych terenów kraju Polan. Ze wsi położonej pomiędzy rzeką i Jeziorem nazywanym dziś Miejskim powstało w końcu XIV wieku miasto. Pierwsze wzmianki o nim pochodzą z 1404 r. Miasto na przestrzeni wieków należało do możnych rodów Ostrorogów i Unrugów. Im miasto zawdzięczało swoje istnienie mimo wielu klęsk, które wielokrotnie je nękały. Międzychód niszczony był w wyniku toczonych wojen i klęsk żywiołowych. Dlatego najstarszym zabytkiem miasta jest dziś kościół parafialny pw. Męczeństwa św. Jana Chrzciciela, który wzniesiono w końcu XVI wieku.
Parafia katolicka w Międzychodzie powstała w XIV wieku, jeszcze przed otrzymaniem praw miejskich. Jej centrum stanowił zapewne drewniany kościół, który służył wiernym do końca XVI wieku. Jego fundatorami byli właściciele miasta Ostrorogowie. Kiedy w 1555 r. Jakub Ostroróg przeszedł na protestantyzm przekazał świątynię ewangelikom. Kościół pozostawał zborem luterańskim do czasu powrotu do kościoła katolickiego właścicieli miasta, które miało miejsce w 1589 r. Syn Jakuba Ostroroga, Jan, będący wojewodą malborskim ufundował w miejsce będącego w złym stanie drewnianego kościoła nową świątynię.
Wzniesiono ją w 1591 r. z cegły jako jednonawową budowlę bez prezbiterium i wieży. W tej formie budynek przetrwał do pożaru w 1635 r. Po rekonstrukcji kościół przebudowywano kilkakrotnie. Największe zmiany wprowadzono w latach 1750, 1840, 1902-1904, a ostateczną formę obiekt otrzymał w latach 1934-1935. Kościół pw. Męczeństwa św. Jana Chrzciciela poddano w gruntownemu remontowi w ostatnim dwudziestoleciu XX wieku. Dziś w jego pięknie utrzymanym wnętrzu możemy zobaczyć historyczne elementy wyposażenia pochodzące z XVII-XIX wieku