W zespole dawnego przedbramia, po drugiej stronie niewielkiego dziedzińca znajduje się budynek zwany Katownią, który warto zobaczyć. Na parterze mieszkał mistrz gdańskiej sprawiedliwości, na piętrze były cele, gdzie trzymano podejrzanych, a na samej górze duża sala, w której dokonywano przesłuchań. Trzeba przyznać, że twórcy ekspozycji w celach więziennych skutecznie zadbali o to, żeby wprowadzić nas w nastrój grozy. Już sam widok tych ciasnych pozbawionych okien pomieszczeń z kamiennymi łożami robi na wchodzącym odpowiednie wrażenie. Atrakcji jest więcej. Oglądając plansze z rycinami przedstawiającymi różne sposoby "badania" podejrzanych, słyszymy w tle jęki torturowanych, dzwonienie łańcuchów i szepty skazańców.
Cele w Katowni nie były jednak wcale najgorszymi miejscami, do jakich mógł trafić w dawnym Gdańsku zatwardziały grzesznik. Prawdziwe piekło czekało tych, którzy znaleźli się w tzw. norze żmii, czyli ciemnym i wilgotnym lochu pod dziedzińcem, z którego nie było żadnej drogi ucieczki.
Stosunkowo najłagodniejszą formą kary była natomiast chłosta, którą wykonywano przy pręgierzu. Zazwyczaj był to kamienny słup na rynku, do którego przykuwano skazańca, ale zachowany do dzisiaj pręgierz gdański ma zupełnie inną formę. Jest to kamienna konsola umieszczona na wschodniej ścianie Wieży Więziennej, z której zwisa łańcuch z kajdankami. Obok znajdują się zamurowane drzwi, które prowadziły na drewniany podest, zawieszony kilka metrów nad ziemią. Dzięki takiemu usytuowaniu scena wykonania kary była dobrze widoczna dla wszystkich zgromadzonych gapiów.