Dopiero w roku 1916 uczczono jego pamięć, nazywając Stroną Zakrzewskiego południową pierzeję staromiejskiego rynku. Prezydentem Warszawy został w burzliwym roku 1792. Wybrano go jednomyślnie, uznając, że tylko on jest w stanie wprowadzić reformy uchwalone przez Sejm Czteroletni. Przejęcie przez Ignacego Wyssogotę Zakrzewskiego władzy nad miastem odbyło się niezwykle uroczyście. Podczas ceremonii na wątłej piersi pana Ignacego zawisł Order św. Stanisława. Przysięgę złożył w Zamku Królewskim.
Gdy rozpoczynał karierę urzędniczą, nie był już człowiekiem młodym, dawno przekroczył czterdziestkę. Ułomny, niskiego wzrostu, nie pchał się na publiczne urzędy. Nie umiał jednak odmówić, gdy tak wielkie okazywano mu zaufanie. Prezydentem Warszawy był dwukrotnie, choć za pierwszym razem tylko przez cztery miesiące. Zmuszony został do rezygnacji ze stanowiska na skutek intryg i podstępów konfederatów targowickich. Gdy jednak odwróciła się karta i ponownie objął ten wysoki oraz zaszczytny urząd, nie myślał o zemście i nie brał odwetu.
Kiedy wybuchła Insurekcja Kościuszkowska, został także zwierzchnikiem pierwszego powstańczego rządu – Rady Zastępczej Tymczasowej. Podczas gdy tłum wdarł się do Arsenału, by dobyć broni i wystrzelać zdrajców, beztroski król-artysta pojechał sobie na przejażdżkę w stronę Pragi. Zakrzewski, przerażony, że króla albo aresztują, albo i zetną na wzór francuski, posłał czym prędzej umyślnych, by go zawrócili. Król nie stawiał oporu, a rozkołysane namiętności tłumu znalazły inne ujście. Wybudowano szubienice, w ratuszu zwołano sąd kryminalny, który – zgodnie z wolą tłumu – wydawał gwałtowne wyroki: śmierć dla hetmanów Ożarowskiego i Zabiełły, śmierć dla marszałka Ankwicza, śmierć dla biskupa Kossakowskiego. Śmierć dla wszystkich targowiczan! Zakrzewski z przerażeniem słuchał oklasków towarzyszących egzekucji, był załamany tym, co się działo na jego oczach. Niestety nie mógł zapobiec i następnym ekscesom.
Nocą z 27 na 28 czerwca 1794 roku rozległo się w mieście przejmujące bicie w bębny, na całym rynku rozgorzały ognie, jasno było jak o brzasku. Na ulice wylegli ludzie i namawiali do wznoszenia szubienic. Stanęły na Rynku Starego Miasta, Placu Zamkowym, Krakowskim Przedmieściu i Senatorskiej. Znów powieszono kilkunastu. Protesty i krzyk Zakrzewskiego ginęły w tłumie ogarniętym szaleństwem. Dopiero gwałtowny deszcz i burza przerwały tę wściekłość. Kim byli owi „ludzie” namawiający do wznoszenia szafotów i wieszania rzekomych „zdrajców”? Pisze o tym jeden z najwybitniejszych historyków w dziejach Polski, prof. Michał Bobrzyński, którego dzieła zostały (tak jak książki Feliksa Konecznego) skonfiskowane przez SB-UB: „…A teraz o insurekcji jako o rewolucji. Na pierwszy plan wybija się tu Hugo Kołłątaj, ksiądz katolicki w rodzaju tych księży-masonów, którzy wywarli wpływ na losy rewolucji francuskiej. Posłuchajmy, co pisze o Kołłątaju Kalinka (Sejm czteroletni, tom II, str. 395-397): <<Wrócił on do kraju upojony tryumfami konwencji i w przekonaniu, że Polska tylko idąc jej torem, może stać się jeszcze potężną. Jego to sprawą były podwójne wieszania w Warszawie w maju i w czerwcu, które miały na celu oczyścić kraj ze zdrajców, a pospólstwo zapachem krwi do wielkich dzieł rozbudzić. […] Ale nie zgadzało się to z zamiarami Kościuszki. Z najwyższym oburzeniem potępił te bezprawia, kazał sądzić i ukarać winowajców>>”.
Powstanie upadło. Zwycięski generał Suworow, którego wojska dokonały „rzezi Pragi”, „zaprosił” Zakrzewskiego do Petersburga. Ten dobrze wiedział, co owo zaproszenie oznacza. Szykował się więc jak do dalekiej drogi. Pojmali go wraz z Kilińskim, Mostowskim i innymi. W samą Wigilię wyruszyli do Petersburga. Trzy znojne tygodnie wleczono ich przez bezdroża tego ogromnego kraju. W petersburskim więzieniu Zakrzewski spędził całe dwa lata. Dopiero po śmierci carycy Katarzyny uwolnił go stamtąd jej syn, Paweł, żądając w zamian przysięgi na wierność Rosji. Prezydent Zakrzewski musiał okazać się krzywoprzysiężcą… Zmarł w roku 1802, przeżywając zaledwie 57 lat. Żył zgodnie z tym, co sam napisał o sobie w testamencie: „Mam sumienie całkowicie czyste”. Pochowany został w rodzinnym Żelechowie, pod płytą pękniętą jak pamięć.