Muzeum Farmacji im. mgr Antoniny Leśniewskiej zostało założone w 1985 r. Inicjatorem był dr Kazimierz Radecki, prezes Oddziału Polskiego Towarzystwa Farmaceutycznego. Muzeum sponsorowało Przedsiębiorstwo Zaopatrzenia Farmaceutycznego „Cefarm”, a pierwszym kustoszem został dr Teodor Kikta. Pierwszą siedzibę miało przy ul. Marszałkowskiej 72, w dawnej aptece mgr Antoniny Leśniewskiej.
W 1996 r. placówka została przeniesiona na Skierniewicką 16/20. W 2001 r. zawisła groźba zamknięcia muzeum ze względu na zmiany w strukturach firmy „Cefarm”. W 2002 r. zostało przejęte przez Muzeum Historyczne m. st. Warszawy i stało się jednym z jego oddziałów. W 2006 r. przeniesiono je na warszawskie Stare Miasto, na ul. Piwną 31/33.
Muzeum w swoich zbiorach posiada komplet mebli aptecznych pochodzących z przełomu XVIII i XIX w. Wśród eksponatów znajdują się liczne naczynia apteczne, takie jak kryształowe i porcelanowe słoje, wazoniki i puszki, jak również kobaltowe butle do przechowywania koniaków i leżakowania wód aromatycznych, a także narzędzia farmaceutyczne, m.in. moździerze, prasy, pigulnice i perkolatory, ponadto dawne opakowania na leki. W zbiorach muzeum mieszczą się przyrządy z różnych dziedzin medycyny. Placówka posiada bibliotekę muzealną, która liczy ponad 2006 woluminów książek, podręczników farmaceutycznych czasopism i starodruków.