Kościół ten usytuowany był niegdyś po północnej stronie ulicy Świętojerskiej, w pobliżu Freta.
Około 1454 r. wzniesiono z fundacji księcia Bolesława V Mazowieckiego i jego żony Anny gotycki kościół murowany. Była to budowla jednonawowa, oszkarpowana, z prezbiterium zamkniętym trójbocznie. Opodal wystawiono także wolno stojącą wieżę-dzwonnicę.
Zapewne w latach 1547-48 świątynia została przebudowana przez warsztat architekta Jana Baptysty Wenecjanina, w stylu północnego renesansu. Należała ona do całej grupy dzieł tego mistrza (m.in. kościoły w: Brochowie, Broku, Pułtusku i Głogowcu), których typowymi elementami były: podziały ścian półfilarami unoszącymi arkady, wspierające kolebkowe sklepienie, ozdobione sztukateriami układanymi w geometryczne wzory. Zachowane przekazy ikonograficzne – jak choćby drzeworyty sporządzone w 1872 r. wg rysunków Wojciecha Gersona – ukazują nie tylko zewnętrzną formę świątyni, ale i jej wnętrze.
W 1819 r. skasowano klasztor Kanoników Regularnych, a opuszczone budowle przekazano spółce braci Evansów, którzy założyli tu fabrykę maszyn rolniczych. W latach 1893-96 mury świątyni w znacznej części uległy rozbiórce, lecz ich ocalałe fragmenty weszły jeszcze częściowo w gmach wystawionej na początku XX w. hali targowej.
W latach 1945-47 spod gruzów targowiska odsłonięto zachowane resztki murów dawnego kościoła św. Jerzego, miały być one wyeksponowane w formie tzw. trwałej ruiny. Jednakże w 1962 r. – z niewiadomych powodów – pozostałości te zostały usunięte.