Dworzec o unikalnym, krzyżującym się na dwóch poziomach układzie torów jest ewenementem w skali kraju. W Polsce są tylko dwa takie obiekty. Jeden w Kępnie, drugi właśnie w Kostrzynie.
Pierwszą linię kolejową, w ramach tzw. Kolei Wschodniej otwarto w Kostrzynie już w 1857 r. dziesięć lat później miasto miało już bezpośrednie połączenie z Berlinem, a w latach 1872-75 przeprowadzono przez nie linię kolejową z Wrocławia do Szczecina. Wtedy też powstały budynki istniejącego do dziś dworca.
Budowano go w latach 1872-1874. Autorem realizacji na terenie tzw. Nowego Miasta był znany niemiecki architekt dworców i budynków Kolei Wschodniej - Eduard Römer. Według jego projektu powstały też dworce w Świeciu, Dąbroszynie i Santoku a nawet santocki „kolejowy” kościół.
Około 1900 r. dworzec poddano rozbudowie. Po 1945 r. odbudowano go ze zniszczeń wojennych, wymieniając jednocześnie stolarkę okienną i – niestety – zmieniając zaaranżowane przez Römera wnętrza. Po latach zaczął się sypać, w 2013 r. przystąpiono więc do kolejnego remontu, tym razem jednak pod nadzorem konserwatora zabytków. Budowla powoli odzyskuje dawną świetność. Detale architektoniczne i rzeźbiarskie znów są widoczne i upiększają elewację. Te, które uległy zniszczeniu są rekonstruowane.
Znana większości woodstockowiczów dwupoziomowa stacja jest ważnym węzłem kolejowym. Ma pięć peronów – dwa na górze i trzy na dole. Na górnych peronach zatrzymują się pociągi relacji Berlin – Gorzów Wlkp. – Krzyż , oraz Stargard Szczeciński – Głazów – Kostrzyn nad Odrą. Na dolnych pociągi relacji Wrocław – Rzepin – Szczecin.