Za konfesją św. Stanisława w katedrze wawelskiej znajduje się gotyckie prezbiterium. Wzdłuż ścian ustawiono barokowe stalle z początku XVII wieku. Do ołtarza wiodą dwubiegowe schody, które przedziela grób kardynała Fryderyka Jagiellończyka (brata króla Zygmunta Starego). Grób nakrywa brązowa płyta z rytym wizerunkiem kardynała w stroju pontyfikalnym. Od przodu widoczna jest wypukło rzeźbiona płyta przedstawiająca scenę ofiarowania kardynała Matce Boskiej przez św. Stanisława.
Po lewej stronie znajduje się pierwszy grób świętej królowej Jadwigi. Jej szczątki spoczywały tu od 1399 do 1949 roku. W ambicie za grobem królowej znajduje się grób jej pradziadka Władysława Łokietka. Po prawej stronie znajduje się grób biskupa Piotra Gembickiego, na którym ustawiono biskupi tron z baldachimem wykonanym na koronację króla Augusta III.
Złocony ołtarz główny pochodzi z XVII wieku, obraz Chrystusa na Krzyżu malowany na blasze jest dziełem królewskiego malarza Tomasza Dolabelli.