Tuż przy ołtarzu z Cudownym Chrystusem znajduje się kaplica pw. św. Katarzyny Aleksandryjskiej. Kaplicę zamyka renesansowa krata, a ponadto dostęp do niej zagradza pulpit na wotywne lampki. Kaplicę z fundacji królowej Bony przebudowano na mauzoleum prymasa Polski, biskupa krakowskiego Piotra Gamrata. Przebudowy kaplicy dokonano pod kierownictwem architekta, rzeźbiarza Jana Marii Padovano, który jest również twórcą biskupiego pomnika. Na trumnie z herbem Sulima "odpoczywa" wsparta na ręce postać biskupa. Ten centralny motyw przedstawiony jest w kasetonowej ramie ujętej pomiędzy dwiema kolumnami zdobionymi wicią roślinną, na których umieszczono przełamane belkowanie z figurami świętych. Kaplicę zdobią stiuki ale te zdobienia pochodzą z XVII wiecznej, kolejnej przebudowy .