Historia parafii św. Małgorzaty w Łomiankach zaczęła się w XV w. Wówczas to właściciele okolicznych dóbr, Kiełpińscy herbu Rogala, ufundowali w Kiełpinie drewniany, modrzewiowy kościółek. Świątynia nosząca wezwanie św. Małgorzaty decyzją biskupa poznańskiego Andrzeja z Bnina stała się kościołem nowej parafii obejmującej Kiełpin i okolice.
Kościół wzniesiono w 1461 r. na terenach często zalewanych przez Wisłę. Wezbrane wody rzeki wielokrotnie niszczyły drewnianą budowlę, ale za każdym razem parafianie odbudowywali ją. Kres jej istnieniu nastąpił w pierwszym ćwierćwieczu XX w. W 1925 r. ówczesny proboszcz parafii św. Małgorzaty ksiądz Wacław Tyszka zdecydował się na budowę nowego kościoła parafialnego w Łomiankach. Świątynię o neobarokowej formie zaprojektowaną przez architekta Wojciecha Rataja ukończono w 1926 r.
Na murowanych fundamentach odtworzono drewnianą konstrukcję dawnego kościoła z Kiełpina. Na początku lat 30. dach budowli zwieńczyły wieże. Przez cały okres przedwojenny uzupełniano dotychczasowe wyposażenie kościelne. W czasie działań wojennych budynek uległ uszkodzeniom, ale po ich zakończeniu został wyremontowany i służył wiernym do końca lat 80. XX w.
W drugiej połowie XX w. szybko powiększające się Łomianki zaczęły starania o przyznanie praw miejskich, co nastąpiło w 1989 r. Wcześniej rosnąca liczba wiernych stała się przyczynkiem do rozpoczęcia starań o pozwolenie na budowę nowego kościoła. Uzyskano ją w 1977 r. W pierwszym okresie rozpoczęto zbieranie materiałów budowlanych. Opracowanie projektu budowli zlecono architektowi Konradowi Janczewskiemu. Budowa ruszyła w lipcu 1979 r., a w grudniu 1983 poświęcono kościół dolny. Wyższą partię, tzw. kościół górny, ukończono w 1988 r. W międzyczasie trwały prace we wnętrzu świątyni.
Dziś okazale prezentuje się front kościoła z dwoma wieżami-skrzydłami z umieszczonym między nimi krzyżem.