Cmentarz-mauzoleum w Palmirach, położony wśród lasów Kampinoskiego Parku Narodowego, to miejsce szczególne. Jest miejscem ostatniego spoczynku 2252 osób zamordowanych przez hitlerowców w tych okolicach w okresie od grudnia 1939 do maja 1943 r. Spokojna śródleśna polana z rzędami kamiennych krzyży ma nie tylko upamiętniać pomordowanych, ale dla następnych pokoleń ma być świadectwem brutalnych mordów na niewinnych cywilach oraz ostrzeżeniem przed odrodzeniem totalitaryzmów.
W pierwszych latach XXI w. powstał zamysł stworzenia obok cmentarza w Palmirach muzeum, w którym prezentowana byłaby historia egzekucji na terenie Puszczy Kampinoskiej oraz pamiątki po osobach w nich zamordowanych. W konkursie rozpisanym w 2009 r. wygrał projekt Szczepana i Zbigniewa Wrońskich oraz Wojciecha Condera przy współpracy Michała Tatjewskiego. Budowę rozpoczęto wiosną 2010 r., aby już po roku, w marcu 2011, dokonać uroczystego otwarcia nowej placówki w obecności Prezydenta Rzeczypospolitej Bronisława Komorowskiego oraz Prezydenta Warszawy Hanny Gronkiewicz-Waltz.
Prostokątny budynek muzeum ma 1300 m kw. powierzchni. Jego zewnętrzne ściany wyłożono blaszanymi płytami z otworami symbolizującymi 2252 ofiar masowych egzekucji. Wewnątrz znalazły się cztery szklane tuby otwarte od góry z rosnącymi w nich drzewami. Oryginalne patia symbolizują miejsca mordów w Palmirach, Laskach, Wólce Węglowej, na Szwedzkich Górach i Wydmach Łuże. Na ścianach wewnętrznych zawieszono ekspozycję zdjęć z okresu okupacji, a w szklanych gablotkach pamiątki po zamordowanych. Na ekranie wyświetlana jest scena egzekucji w Palmirach z serialu „Polskie drogi”.
Muzeum - Miejsce Pamięci Palmiry jest oddziałem Muzeum Historycznego Miasta Stołecznego Warszawy.