Pierwsza wzmianka o Chojnicy pochodzi z 1374 r., a kościół w tym miejscu istniał prawdopodobnie już w wieku XI. Kościół, z którego pozostały już tylko ruiny, został wybudowany w I połowie XVI w. przez Jana Przecławskiego i jego syna Andrzeja – kanonika katedry poznańskiej. W 1943 r. Chojnica została włączona w obszar pobliskiego poligonu w Biedrusku. Z kościoła w niedzielę mogli korzystać tylko mieszkańcy Chojnicy i Biedruska.
Po wojnie, w 1946 r. przystąpiono do wysiedlenia ludności z okolicznych wiosek (Chojnica, Łagiewniki, Glinienko, Okolewo) i rozbiórki zabudowań gospodarczych. Pozyskaną z rozbiórki cegłę wykorzystano do budowy nowej szkoły w Suchym Lesie. Kościół pozostawiony bez opieki powoli zaczął popadać w ruinę. W 1950 r. przeniesiono do katedry poznańskiej renesansowe nagrobki Przecławskich (można je zobaczyć w katedrze po prawej stronie od wejścia głównego). Ich wyjątkowość polega na tym, że tekst inskrypcji został zapisany nie po łacinie, lecz w języku polskim (!).
W 1976 r. zawaliły się gotyckie sklepienia. Obecnie z kościoła zachowały się jedynie mury obwodowe, nad wejściem herb Ryba z 1546 r. , a obok XIX-wieczna również zniszczona dzwonnica. Z kościoła w Chojnicy do naszych czasów przetrwała gotycka monstrancja z postaciami św. Wojciecha i św. Stanisława ufundowana przez Andrzeja Przecławskiego (w zbiorach Muzeum Archidiecezjalnego w Poznaniu) oraz kielich mszalny z 1582 r. (w kościele w Suchym Lesie) W 1770 r. w kościele tym został ochrzczony Wojciech Bogusławski „Ojciec Teatru Polskiego”, który urodził się w pobliskim Glinnie.
Ruiny kościoła stanowiły plener filmowy dla „Ogniem i mieczem”. Kręcona była tutaj pierwsza scena filmu - kiedy Skrzetuski uwalnia Chmielnickiego z rąk opryszków. Ponieważ ruiny znajdują się na terenie Poligonu Biedrusko, można je zwiedzać tylko w soboty i niedziele zgodnie z regulaminem Centrum Szkolenia Wojsk Lądowych http://cswlpoznan.wp.mil.pl/pl/31.html