Schronisko na Markowych Szczawinach wzniesiono na północnym stoku Babiej Góry na wysokości 1180 m n.p.m. Wybudowane zostało z inicjatywy ówczesnego prezesa Oddziału Babiogórskiego Towarzystwa Tatrzańskiego, dr. Hugona Zapałowicza.
W niezbyt dużym obiekcie mieściła się niewielka kuchnia i jadalnia, dwie sypialnie oraz poddasze wyścielone sianem, gdzie mogły przenocować wycieczki wieloosobowe. Uroczystego otwarcia schroniska dokonano 15 września 1906 r. Poprzez jego stałą rozbudowę i remonty obiekt stał się w kolejnych latach przestronny i nowoczesny. Rozbudowane zostały kuchnia i jadalnia, zwiększono liczbę pokoi, zainstalowano linię telefoniczną i wodociąg, a po wojnie kotłownię, natomiast z Zawoi doprowadzono prąd elektryczny.
W 1966 r. obok schroniska otwarte zostało Muzeum Turystyki Górskiej. Mieści się ono w małym domku przypominającym swiom kształtem pierwsze schronisko na Markowych Szczawinach.
W 2007 r. przeprowadzono całkowitą rozbiórkę pierwszego schroniska z zamiarem przeniesienia go do skansenu w Zawoi. Niestety, plan ten nie został zrealizowany. Na jego miejscu w ciągu dwóch lat wybudowany został nowy obiekt. Uroczyste otwarcie nowego schroniska PTTK na Markowych Szczawinach odbyło się 21.11.2009 r. Obok niego przebiegają liczne szlaki turystyczne, spośród których dwa prowadzą na najwyższy szczyt Beskidu Zachodniego, Babią Górę, szlak czerwony przez przełęcz Bronę (czas przejścia około 1.30 godz.) oraz bardzo wymagający szlak żółty, tzw. Perć Akademików (czas przejścia około 1.15 godz.).