Zatonie, wieś w gminie wiejskiej Zielona Góra, do 1945 r. nosząca nazwę Günthersdorf zamieszkana była głównie przez protestantów. Katolicy, stanowiący już w XVIII w. mniejszość, stracili swój kościół w 1837 r. Zamknięta świątynia popadła z czasem w ruinę. Natomiast zatońscy ewangelicy zbudowali w centrum wsi swój zbór w 1765 r.
Pierwotna ewangelicka świątynia powstała w konstrukcji szachulcowej. Ośmioboczny budynek okazał się niestety nietrwały. Z biegiem lat ściany z pruskiego muru zastąpiły ceglane mury. Wierni byli wspierani przez właściciela wsi księcia Aleksandra Talleyranda, który w 1865 r. sfinansował budowę wieży. Książę odkupił także dzwony od parafii katolickiej, które zawisły na wieży. Od 1870 r. wieżę ozdobił zegar.
Do dziś zachowało się pierwotne wyposażenie świątyni, w tym ołtarz z XVIII w. oraz organy na chórze. Po 1945 r. ewangelicki zbór został przejęty przez osiedlających się w Zatoniu katolików. Świątynia stała się filialnym kościołem Matki Boskiej Częstochowskiej należącym do parafii św. Wawrzyńca w Ługach.