Parafia świętego Franciszka z Asyżu to nowa parafia na mapie Olsztyna. Obejmuje swym zasięgiem osiedle Kortowo, Słoneczny Stok, Stary Dwór i częściowo Brzeziny. Pierwszą mszę świętą na kortowskich łąkach, w miejscu, gdzie wkrótce miała się rozpocząć budowa kościoła, odprawiono jeszcze przed erygowaniem parafii, 19 czerwca 1990 r. Wtedy też postawiono krzyż, erygowanie zaś nastąpiło 1 lipca tego samego roku. Oddano ją pod opiekę św. Franciszka z Asyżu, patrona ekologów i od początku jednym z priorytetowych założeń było stworzenie głównego duszpasterstwa akademickiego, gdyż trudno sobie wybrać lepsze miejsce niż kościół na terenie największego kampusu studenckiego w Polsce.
W następnych latach poświęcono kaplicę akademicką, wybudowano dom parafialny a w 1999 r., wmurowano kamień węgielny i rozpoczęto wykopy pod budowę nowej świątyni. W historii tej budowli znamienna jest data 25 grudnia 2003 r. gdyż tego dnia odprawiono pierwszą Pasterkę w nadal budowanym kościele. Obecnie prace są właściwie zakończone i nie sposób oprzeć się wrażeniu, że świątynia wygląda swoim kształtem na wskroś nowoczesną.
Jest wielokątną budowlą murowaną z czerwonej cegły klinkierowej i z dwuspadowym dachem. Nad całością góruje wysoka wieża. Wnętrze świątyni jest raczej skromne i pozbawione bogatych ozdób. Wszystko centralizuje się w kierunku ołtarza. Kolorystyka i brak typowych ławek może nasuwać odczucie jakbyśmy byli w auli wykładowej.
Tuż na placu kościelnym znajduje się godna uwagi kapliczka skrzynkowa, obecnie bardzo rzadka na terenie Warmii. W obecności nowoczesnej świątyni można ją potraktować jako ukłon w kierunku dawnych tradycji i świetnie z nią harmonizuje. W pięciobocznej oszklonej skrzyni umieszczono małą figurkę Matki Bożej a nad nią drewniany daszek z metalowym krzyżykiem, wokół kapliczki kwiaty.