Na lewo od wyjścia z wieży Zygmuntowskiej, w transepcie katedry znajduje się kaplica p.w. Matki Boskiej Śnieżnej i Tomasza Apostoła. XIV wieczną kaplicę z fundacji biskupa Samuela Maciejowskiego przebudowano na jego mauzoleum. Samuel Maciejowski był biskupem krakowskim, kanclerzem wielkim koronnym i wielkim stronnikiem króla Zygmunta Augusta.
Kaplicę nakrywa kopuła z latarnią. Polichromia sklepienia kopuły przedstawia legendę M.B.Śnieżnej. Nagrobek biskupa wykonany z piaskowca i czerwonego marmuru ustawiony jest przy ścianie zachodniej. W półkolistej niszy, którą obejmują żłobkowane kolumny z belkowaniem , na sarkofagu spoczywa postać biskupa Samuela Maciejowskiego. Pomnik ten jest dziełem Jana Marii Padovano.
Ołtarz marmurowy, zawierający obraz M.B.Śnieżnej, zdobią marmurowe kolumny ze złoconymi, korynckimi kapitelami. Ołtarz jest dziełem Franciszka Placidiego. Z boku ołtarza znajduje się wejście do niewielkiej zakrystii. Odkryto tutaj płytę z romańskim plecionkowym ornamentem pochodzącą z czasów pierwszej katedry tzw. Chrobrowskiej.
W kaplicy pochowano również biskupa Bernarda Maciejowskiego, który był bratankiem biskupa Samuela.