Kaplica powstała w początku XIV wieku podczas budowy gotyckiej katedry. Prezbiterium katedry, jej ambit i przyległe do niego kaplice budowane były jednocześnie według ówczesnego projektu architektonicznego. Budowę tej wschodniej części katery nadzorował ówczesny biskup krakowski Jan Nankier, jemu też przypisywana jest fundacja kaplicy.
W XV wieku kaplica ta została powiększona i przeznaczona na zakrystię. Ta decyzja spowodowała, że zachowała ona swój gotycki charakter. W jej gotyckim krzyżowo - żebrowym sklepieniu zachowały się rzeźbione zworniki z wyobrażeniami św. Małgorzaty i św. Michała Archanioła. Przed wejściem głównym do Katedry wmurowano płaskorzeźby tych świętych i pochodzą one zapewne z dawnego ołtarza tut. kaplicy.
Na ścianach zawieszone zostały XVII wieczne obrazy : M.B. ze świętym Janem Ewangelistą i Janem Chrzcicielem, inny obraz przedstawia apoteozę księdza Baryczki, dalej widzimy portrety świętych Wojciecha, Kazimierza, Mikołaja i Dominika. Z zakrystii prowadzi przejście na Wieżę Zygmuntowską i do Skarbca Katedralnego.