Idąc południową częścią ambitu w kierunku wyjścia z katedry, spotykamy kaplicę św. Jana Chrzciciela sąsiadującą z kaplicą króla Jana Olbrachta. Tę gotycką kaplicę w XVI wieku przebudowano z inicjatywy podskarbiego wielkiego koronnego Andrzeja Kościeleckiego herbu Ogończyk, zaprzyjaźnionego z królem Zygmuntem Starym, i za królewską zgodą. W XVII wieku kaplicę ponownie przebudowano na mauzoleum biskupa Jakuba Zadzika - kanclerza wielkiego koronnego.
Kaplica zbudowana na planie kwadratu nakryta jest kopułą z latarnią, przy budowie zachowano wcześniejsze gotyckie i renesansowe partie murów. Kaplicę oświetla duże okno w półkolistym, rozglifionym ościeżu. Wnętrze kaplicy wyłożone zostało marmurową okładziną, kopułę natomiast wypełniają malowidła ze scenami z życia św. Jana Chrzciciela. W ołtarzu kaplicy znajduje się obraz przedstawiający Chrzest Chrystusa namalowany przez Wojciecha Stattlera. Artysta św. Janowi Chrzcicielowi nadał rysy twarzy swojego przyjaciela Adama Mickiewicza. Naprzeciw ołtarza znajduje się pomnik biskupa Jakuba Zadzika z jego brązowym popiersiem. Od XVII wieku w kaplicy ubierano króli do uroczystości koronacyjnych. Kaplicę zamyka brązowa krata.