Otto Naujack był przedsiębiorcą budowlanym, właścicielem cegielni, członkiem Rady Miasta. Do Olsztyna przybył w 1880 r. jako rzeźnik i od razu otworzył masarnię. Jednakże w tym samym roku uruchomiono nowoczesną rzeźnię oraz zakłady masarskie, co wkrótce spowodowało likwidację jego sklepu. Naujack wykorzystał jednak sytuację, że Olsztyn był szybko rozrastającym się miastem, i został przedsiębiorcą budowlanym, m.in. właścicielem cegielni. Za zarobione pieniądze zaczął skupywać parcele i stawiać na nich kamienice czynszowe pod wynajem, stając się w niedługim czasie najpoważniejszym rentierem w mieście. W 1896 r. nabył niewielką parcelę z budynkiem nienadającym się jednak do zamieszkania. Kilka lat później, w 1907 r., rozpoczął przebudowę i przy pomocy nieznanego, niestety, architekta stworzył piękny secesyjny pałacyk.
Willa Naujacka, zwana również kamienicą lub pałacykiem, stała się sztandarowym budynkiem tamtego okresu, zwłaszcza że usytuowana była, jak większość obiektów Naujacka, przy najbardziej reprezentacyjnej ulicy prowadzącej z dworca kolejowego do centrum miasta. Z tego też powodu własności Naujacka wzrosły wielokrotnie. Sam właściciel nie mieszkał w tej willi, od początku była to budowla czynszowa. Każde piętro wynajmowano innemu lokatorowi lub lokatorom, były tam również gabinety lekarskie, a w przyziemiu mieściła się hala targowa dla Koła Gospodyń Wiejskich. W 1938 r. kwaterował w niej oddział SS. Nie potwierdzona jest jednak pogłoska, jakoby przed wojną był tam sekretny dom schadzek. Okres wojny i wyzwolenie Willa Naujacka, jako jedna z nielicznych jego budowli, przetrwała w stanie niemalże nienaruszonym. Po 1945 r. w budynku mieściły się kolejno: żłobek, Dzienny Dom Pobytu dla Osób Niepełnosprawnych ruchowo (co było przyczyną wybudowania wewnątrz windy) oraz hotelik dla pielęgniarek polikliniki.
Pod koniec lat 90. XX w. willa została przekazana Miejskiemu Ośrodkowi Kultury i przy pomocy środków unijnych przeprowadzono jej gruntowny remont. Rewitalizacja pozwoliła przywrócić budowli dawny urok, zwłaszcza że pieczołowicie zachowano jej pierwotny wygląd, np. stolarkę budowlaną, witraże czy oryginalne kafelki.
15 czerwca 2008 r. obiekt oficjalnie zyskał nazwę Willa Naujacka i zainaugurował swoją działalność kulturalną. Ta piękna budowla została ponownie przywrócona miastu. Mieszczą się w niej pracownie warsztatowe, galerie sztuki i jedyny w regionie Punkt Informacji Kulturalnej.